Pengadilan Negeri Malinau merupakan salah satu pelaksana Kekuasaan Kehakiman di lingkungan peradilan umum pengadilan Tingkat Pertama dibawah kekuasaan Mahkamah Agung, sesuai Undang-undang Nomor 48 Tahun 2009 tentang Kekuasaan Kehakiman dan Undang-undang Nomor 49 Tahun 2009 tentang perubahan kedua atas Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1986 tentang Peradilan Umum.
Pengadilan Negeri dibentuk dengan Keputusan Presiden (KEPPRES) nomor 14 tahun 2005 tentang “Pembentukan Pengadilan Negeri Lembata, Pengadilan Negeri Ndao, Pengadilan Negeri Pelalawan, Pengadilan Negeri Rokan Hilir, Pengadilan Negeri Nunukan, pengadilan Negeri Malinau” maka Pengadilan Negeri Malinau telah berdiri dan beroperasi sejak bulan Maret 2006.
Adapun Nama-nama Ketua Pengadilan Negeri Malinau dari masa ke masa :
TIME LINE KETUA PENGADILAN NEGERI MALINAU
2006 - 2008
Joni Palayukan, SH.
2006 - 2008
2008 - 2010
Arifin,SH.,MH
2010 - 2011
Kasdiyono,SH.,M.Hum.
2010 - 2011
2011 - 2013
Pransis Sinaga,SH., MH.
2013 - 2015
Priyanto, SH.,MHum
2013 - 2015
2015 - Maret 2018
Arief Boediono.,SH.,MH.
Januari 2019 - Maret 2020
Andry Simbolon, S.H., M.H.
Januari 2019 - Maret 2020
Maret 2020 - Januari 2021
Arie Andhika Adikresna, S.H., M.H.
Maret 2020 - Januari 2021
Jasael, S.H., M.H.
Maret 2020 - Januari 2021
Februari 2022 - Desember 2023
Teopilus Patiung, S.H., M.H.
Desember 2023 - Sekarang
Budi Santoso, S.H.
Desember 2023 - Sekarang