Kabupaten Malinau memiliki luas + 3.976.716 Ha (52,69%) dan merupakan Kabupaten terluas di Wilayah Kaltara. Adapun batas administrasi kabupaten Malinau :
| Utara | : Kabupaten Nunukan | 
| Barat | : Negara Bagian Malaysia Timur (Serawak) | 
| Timur | : Kabupaten Bulungan, Kabupaten Tanah Tidung, dan Kabupaten Kutai Timur | 
| Selatan | : Kabupaten Kutai Barat dan Kabupaten Kutai Kartanegara | 
Kabupaten Malinau yang merupakan wilayah yuridiksi Pengadilan Negeri Malinau terdiri dari 15 Kecamatan dan 109 Desa yang 5 diantaranya berbatasan langsung dengan Negara Bagian Malaysia. Adapun 15 Kecamatan dan 109 Desa tersebut dengan rincian wilayah sebagai berikut :
| Kecamatan Malinau Kota · Desa Batu Lidung · Desa Malinau Kota · Desa Pelita Kanaan · Desa Malinau Hulu · Desa Malinau Hilir ·        Desa Tanjung Keranjang 
 | Kecamatan Malinau Kota · Desa Batu Lidung · Desa Malinau Kota · Desa Pelita Kanaan · Desa Malinau Hulu · Desa Malinau Hilir ·        Desa Tanjung Keranjang 
 | Kecamatan Malinau Barat · Desa Long Bila · Desa Long Kenipe · Desa Punan Bengalun · Desa Sesua · Desa Sentaban · Desa Tanjung Lapang · Desa Taras · Desa Kuala Lapang · Desa Sempayang | 
| Kecamatan Malinau Selatan . Desa Bila Bekayuk . Desa Long Loreh . Desa Langap . Desa Laban Nyarit . Desa Nunuk Tanah Kibang . Desa Pelencau . Desa Paya Seturan . Desa Punan Rian . Desa Sengayan | Kecamatan Malinau Utara · Desa Kaliamok · Desa Luso · Desa Malinau Seberang · Desa Putat · Desa Salap · Desa Seruyung · Desa Respen Tubu · Desa Belayan · Desa Sembuak Warod · Desa Lubak Manis · Desa Semenggaris 
 | Kecamatan Mentarang · Desa Long Gafid · Desa Long Bisai · Desa Temalang · Desa Long Liku · Desa Pulau Sapi · Desa Paking · Desa Lidung Kemenci · Desa Mentarang Baru ·        Desa Harapan Maju 
 | 
| Kecamatan Pujungan · Desa Long Pujungan · Desa Long Ketaman · Desa Long Pua · Desa Long lame · Desa Long Jelet · Desa Long Aran · Desa Long Paliran · Desa Long Bena · Desa Long Belaka Pitau 
 | Kecamatan Kayan Hilir · Desa Data Dian · Desa Long Pipa · Desa Long Sule · Desa Sungai Anai ·        Desa Long Metun 
 | Kecamatan Kayan Hulu · Desa Long Nawang · Desa Nawang Baru · Desa Long Temuyat · Desa Long Betaoh ·        Desa Long Payau 
 | 
| Kecamatan Kayan Selatan · Desa Long Ampung · Desa Long Uro · Desa Lidung Payau · Desa Sungai Barang ·        Desa Metulang 
 | Kecamatan Mentarang Hulu · Desa Lung Fala · Desa Lung Kebinu · Desa Lung Mekatif · Desa Lung Simau · Desa Barang · Desa Lung Sulit · Desa Lung Semamu 
 | Kecamatan Bahau Hulu · Desa Long Uli · Desa Long Alango · Desa Long Berini · Desa Long Tebulo · Desa Apau Ping · Desa Long Kemuat   | 
| Kecamatan Sungai Boh · Desa Dumu Mahak · Desa Long Lebusan · Desa Mahak Baru · Desa Long Top · Desa Agung Baru ·        Desa Data Baru 
 | Kecamatan Malinau Selatan Hulu · Desa Long Lake · Desa Punan Mirau · Desa Long Rat · Desa Halanga · Desa Metut · Desa Long Jalan · Desa Nahakramo · Desa Tanjung Nanga | Kecamatan Malinau Selatan Hilir · Desa Setulang · Desa Setarap · Desa Punan Setarap · Desa Batu Kajang · Desa Gong Solok · Desa Long Adiu ·        Desa Punan Long Adiu | 
| Kecamatan Sungai Tubu · Desa Long Nyau · Desa Long Titi · Desa Long Ranau · Desa Rian Tubu · Desa Long Pada 
 | 
 | 
 | 
| 
 | ||

